Emanuel Handmann wird als neuntes von vierzehn Kindern in Basel geboren; seine Eltern sind der Bäcker und spätere Landvogt zu Waldenburg Johann Jakob Handmann und Anna Maria Rispach. Laut Handmanns erstem Biografen, Johann Caspar Füssli, verbringt der Knabe seine Jugendzeit auf dem Schloss Waldenburg mit Zeichnen, kommt anschliessend zu einem Schwertfeger in die Lehre, quittiert diese aber schon nach vier Monaten, um seinem eigenen Wunsch entsprechend eine Ausbildung als Maler zu beginnen. Johann Rudolf Huber in Bern lehnt altershalber einen weiteren Schüler ab; es findet sich jedoch im Maler und Stukkateur Johann Ulrich Schnetzler in Schaffhausen ein geeigneter Lehrer, bei dem Handmann 1735–39 weilt. 1740 Aufnahme in die Basler Himmelzunft. Anschliessend reist er mit einem Empfehlungsschreiben von Nikolaus Bernoulli nach Paris zu Jean Restout. Ende 1742 begibt sich Handmann nach Italien und erreicht im Frühjahr 1743 Rom; Bekanntschaft mit Marco Benefial und Pierre Subleyras. 1745 nach Neapel und Rückkehr über Oberitalien in die Schweiz. In Basel begegnet er 1746 Johann Rudolf Studer dem Jüngeren, der ihm rät, «nach Bern zu gehen, als den einzigen Ort in der Schweitz, wo ein geschickter Mahler Liebhaber und Bezahlung finden würde» (Füssli), worauf sich Handmann 1747 dort niederlässt. Reisen: mit Johann Ludwig Aberli 1749 in die Alpen; 1753 nach Berlin, wo er Antoine Pesne kennenlernt; 1762 erneut mit Aberli in die Alpen, diesmal begleitet von Christian Georg Schütz; 1762–63 nach Basel; 1774 nach Solothurn für das Porträt des Schultheissen Johann Karl Stephan Glutz-Ruchti (Solothurn, Rathaus). 1773 wird er durch die Vermittlung von Oberst Carl Friedrich von Staal Mitglied der Accademia Clementina in Bologna. Sein bekanntester Schüler war Sigmund Freudenberger.

Handmanns Verdienste liegen in der Porträtkunst begründet, der er im Alten Bern durch geschickte Verknüpfung von französisch inspiriertem Repräsentationsbildnis und intimem Freundschaftsbild zu Ruhm und Ansehen verhalf. Für die Galerie der Berner Stadtbibliothek schuf er die offiziellen Schultheissenporträts. Seine Kunden waren aber nicht nur die ersten Männer des Staates und ihre Ehefrauen, also das führende Patriziat, sondern ebenfalls Wissenschaftler (Johann Jakob Dick, Leonhard und Johann Albrecht Euler, Albrecht von Haller, Sigmund Ludwig von Lerber), Ärzte (Gottlieb Kuhn, Samuel Gottlieb Rosselet, Michael Schüppach, Auguste Tissot), Pfarrer (Abraham Rengger, Albrecht Stapfer), Künstler (Johann Ludwig Aberli, Johann Friedrich I. Funk, Johann August Nahl der Ältere, Christian Georg Schütz der Ältere, Adrian Zingg) und einfache Handwerksleute. Sein Œuvre umfasst mehr als 500 Werke. Neben den Bildnissen in Öl und einigen in Pastell schuf Handmann auch wenige Gruppenbildnisse, Genre- und Landschaftsbilder, Grafiken sowie einen Zyklus von historischen Persönlichkeiten. Eine weitere Werkgruppe bilden die Musendarstellungen, die Handmann 1775–76 für das estländische Gutshaus von Carl Friedrich von Staal schuf.

Die Qualität von Handmanns Gemälden ist – je nach Auftrag – sehr unterschiedlich, ebenso in der physiognomischen Wiedergabe der Porträtierten wie in der oft sehr stereotypen Anordnung der Bildelemente. Doch ist gerade die Gestaltung der Gesichtspartien das deutlichste Merkmal seiner Malerei. Vom offiziellen bis zum privaten Bildnis spiegelt sich in den Gesichtern jeweils eine individuelle Haltung und Regung. Die Gemälde zeigen darüber hinaus einen gewissen Liebreiz und lassen den Versuch erkennen, die inneren Werte der Dargestellten sichtbar zu machen. Mit seinen intimer wirkenden Porträts vor neutralem Hintergrund verliess Handmann als Vorläufer Anton Graffs das Feld des ausgehenden Rokoko mit seinen leeren Konventionen und suchte eine gefühlsbetonte Realitätswiedergabe.

Werke: Aarau, Aargauer Kunsthaus; Aarau, Stadtmuseum Alt-Aarau; Basel, Haus zum Kirschgarten; Historisches Museum Basel; Basel, Museum an der Augustinergasse (Aula); Öffentliche Kunstsammlung Basel, Kunstmuseum; Bernisches Historisches Museum; Bern, Burgerbibliothek; Kunstmuseum Bern; Bern, Stadt- und Universitätsbibliothek; Bern, Béatrice von Wattenwyl-Haus; Hindelbank, Schloss; Jegenstorf, Schloss; La Sarraz, Schloss; Oberhofen, Schloss; Kunstmuseum St. Gallen; Wildegg (AG), Schloss; Zürich, Schweizerisches Landesmuseum.